Als der 14-jährige Shinji Ikari nach Neo-Tokyo kommt, da er von seinem Vater Gendo Ikari dorthin berufen wurde, gerät er in den Kampf gegen einen Engel, der die Stadt angreift. Misato Katsuragi, die ihn abholen soll, rettet ihn aus dem Gefahrenbereich. Da konventionelle Waffen gegen den Engel versagen, soll Shinji in einem Evangelion (EVA) gegen diesen kämpfen. Und dies unter dem Kommando seines Vater, der der Organisation NERV angehört, welche die EVAs betreibt. Nachdem sein Widerstand dagegen gebrochen wurde und er im Kampf ist, wird er beinahe besiegt. Doch als er in seinem EVA-01 seine Mutter erkennt, kann er den Engel trotz fehlender Energieversorgung bezwingen.
Nach dem Kampf zieht Shinji bei Misato ein. An seiner Schule wird er von seinem Mitschüler Toji Suzuhara geschlagen, da seine Schwester bei dem Kampf verletzt wurde. Beim Angriff des nächsten Engels aber rettet Shinji Toji und seinen Mitschüler Kensuke Aida. Nach dem Kampf reißt Shinji aus, weil er niemanden mehr verletzten will. Bald darauf wird er wieder zurückgebracht und entscheidet sich, weiter bei Misato zu wohnen und den EVA zu steuern.
In der folgenden Zeit wundert sich Shinji über das autistische Verhalten Rei Ayanamis, der Pilotin von EVA-00. Sie hatte häufig Probleme mit der Steuerung ihres EVAs. Den nächsten Engel müssen sie gemeinsam besiegen. Nach dem gemeinsamen Kampf beginnt Rei, sich Shinji zu öffnen. Später treffen Shinji und seine Mitschüler in der Innenstadt von Neo-Tokyo Soryu Asuka Langley, die dritte Pilotin. Diese ist gerade aus Deutschland eingetroffen, hat auf dem Weg nach Japan bereits einen Engel besiegt und steckt nun in einer Prügelei, die sie selbst begonnen hat.Sie entscheidet sich zusammen mit Shinji, Misato und Pen²(-PenPen) in einer Wohnung zu wohnen.
Gemeinsam mit Asuka kam Kaji Ryoji nach Japan, der den Embryo Adams mitbrachte. Dieser spielt eine zentrale Rolle beim Projekt zur Vervollkommnung der Menschheit. Im Kampf gegen den nächsten Engel müssen Shinji und Asuka ihre Bewegungen aufeinander abstimmen, um erfolgreich zu sein. Dies gelingt nur nach aufwendigem Üben, da beide nur schwer miteinander auskommen. Bald kommen sich Misato und Kaji wieder näher, beide waren in ihrer Jugend bereits einmal zusammen. Auch Shinji, Rei und Asuka gehen immer offener miteinander um. Den Angriff des nächsten Engels können sie gemeinsam abwehren. Doch bald darauf folgen Shinji und Misato Kaji in die Katakomben des NERV-Hauptquartiers. Dort zeigt er ihnen eine riesige, an einem Kreuz hängende Gestalt, die er Adam nennt. Er erklärt Shinji, dass hinter NERV und den EVAs die Organisation SEELE steckt. Diese folgen einem Plan aus den Schriftrollen von Qumran, die auch die Bekämpfung der Engel beinhalten. In Folge dieser Erkenntnisse zieht sich Shinji wieder mehr zurück.
Kurze Zeit später wird Toji, ohne dass Shinji davon weiß, zum "Fourth Children" und soll den EVA-03 steuern. Doch beim Testlauf wird dieser von einem Engel besessen. Als Shinji nun den EVA bekämpfen soll, bekommt er Angst, weil ja ein Mensch dort drin sitzt. Daraufhin übernimmt das Dummy-Plug-System seinen EVA und Shinji muss mit ansehen, wie EVA-03 vor seinen Augen zerfleischt wird. Danach erfährt er, dass Toji der Pilot war und beim Kampf starb. Als er daraufhin gegen seinen Vater und Kommandanten von NERV vorgehen will, wird er weggeschickt.
Als der nächste Engel angreift, gelingt es diesem, schnell zu NERV vorzudringen und die anderen EVAs zu besiegen. Zugleich erzählt Kaji Shinji von seiner Jugend als Straßenjunge nach dem Secound Impact, während dem viele seiner Freunde starben. Er kann Shinji überzeugen, wieder im EVA gegen den Engel zu kämpfen. Doch als wieder die Energieversorgung abbricht, macht sich der EVA erneut selbstständig und verschlingt die Energiequelle des Engels, das S²-Organ. Danach kann er wieder gebändigt werden, stellt aber nun selbst eine Gefahr dar. Shinji ist nun in diesem gefangen und wird mit seinen psychischen Problemen konfrontiert. Währenddessen hoffen Misato, Asuka und Rei auf seine baldige Rettung. Nach der Rettung untersucht SEELE die Vorfälle. In der Folgezeit wir Kaji Ryoji von einem Unbekannten erschossen.
Rei und Shinji wieder mehr einander, woraufhin Asuka sich jedoch immer mehr zurückzieht. Als der nächste Pilot, Kaworu Nagisa, eintrifft, kommt es wieder zum Angriff eines Engels. Dabei wird Asuka psychisch so geschädigt, dass sie ihren EVA-02 nicht mehr steuern kann. Nun soll Kaworu diesen steuern. Beim Kampf gegen den nächsten Engel ist Rei gezwungen, sich mit ihrem EVA in die Luft zu sprengen, um Shinji zu retten. Daraufhin verbringt Shinji die Nacht bei Kaworu, weil er nicht nach Hause will, obwohl er diesen nicht sehr mag. In der Nacht kommt es dazu, dass Kaworu Shinji sagt, dass er ihn lieben würde. Kurz darauf wird bekannt, das Rei noch lebt. Sie hält jedoch wieder Distanz zu Shinji. Bald offenbart Ritsuko Shinji und Misato, dass Rei ein Klon ist und nach ihrem Tod der nun dritte an die Stelle der Vorgänger trat. Nachdem Ritsuko nun aber die anderen Klone zerstört, wird auch Rei einzigartig.
Kurz darauf nimmt Gendo Ikari den Embryo Adams in sich auf. Es wird offenbart, dass der Second Impact von Menschen ausgelöst wurde, um Adam und die Engel von der Zerstörung der Menschheit abzuhalten. Kaworu gibt sich als zwölfter Engel zu erkennen und Shinji muss gegen ihn kämpfen. Schließlich tötet er Kaworu auf dessen Wunsch, da dieser auch sterben würde, würde er den Third Impact auslösen. Zuvor erzählt er Shinji, dass SEELE die Menschheit vernichten will, um sie dann als ein vollkommenes Wesen wieder auferstehen zu lassen. Bald greift die japanische Armee NERV an, damit SEELE diesen Plan umsetzten kann.
Mangaka: GAINAX/Yoshiyuki Sadamoto
Quelle: Wikipedia
Bildquelle: photobucket